Beranjak dua jam dari saat di mana film pertama berakhir, Berandal meneruskan kisah Rama (Iko Uwais), seorang calon ayah dan perwira polisi pemula yang selamat dari sebuah operasi penyerbuan maut dalam sarang seorang gembong narkoba yang berakhir fatal. Setelah berhasil keluar hidup-hidup dari bangunan yang penuh dengan kriminal dan gangster, Rama mengira ia bisa melanjutkan kehidupan dengan normal, namun dia salah. Setangguh apapun, lawan-lawan Rama di gedung naas itu ternyata tak lebih dari sekumpulan ikan kecil yang berenang di kolam yang jauh lebih besar dari yang ia bayangkan. Kemenangan kecilnya kini telah menarik perhatian binatang-binatang yang jauh lebih besar dan buas dalam rantai dunia kriminal Jakarta. Kini ia dan keluarganya ada dalam bayangan kematian, dan Rama hanya memiliki satu pilihan untuk melindungi bayi dan istrinya: Dia harus masuk dalam operasi penyamaran, memasuki dunia kriminal seorang diri dan mendaki melewati hirarki kekuatan yang penuh persaingan maut, sampai membawanya ke para figur politisi dan polisi korup yang menarik-ulur tali benang di puncak rantai dunia hitam. Rama pun memulai pengembaraan baru yang diwarnai kekerasan, sebuah perjalanan yang memaksa dia untuk menyisihkan kehidupan dan identitasnya, dan mengambil identitas baru sebagai seorang kriminal pelaku tindak kekerasan bernama "Yuda". Di penjara ia harus mendapatkan kepercayaan dari Ucok (Arifin Putra) untuk bergabung dengan gengnya, meletakkan nyawanya dalam sebuah pertaruhan terbesar atas semuanya, untuk mengakhiri seluruh kebusukan dalam tubuh kepolisian